Existem três caminhos principais para a deterioração da qualidade das águas armazenadas em lagos e reservatórios, a partir dos elementos orgânicos e inorgânicos conservados na área inundada (caso dos reservatórios) ou introduzidos durante e após a inundação:
"A qualidade da água está relacionada ao uso desejável do reservatório. Assim, p.ex., aquele usado em piscicultura, deve ser rico em nutrientes que permitam abundante desenvolvimento do plâncton, pois este constitui o alimento básico natural para a nutrição de peixes. Esse emprego do reservatório pode ser perfeitamente conciliado com a navegação ou prática de esportes náuticos, e também com a produção de energia hidrelétrica, mas pode apresentar sérios inconvenientes ao uso da água para abastecimento.
"As águas destinadas a esta última finalidade (água potável) devem ser, tanto quanto possível, isentas de matéria orgânica sujeita à decomposição e também pobres em plâncton, uma vez que este poderia causar transtornos ao tratamento ou interferir diretamente na qualidade da água, por produzir sabor, odor, e até mesmo substâncias tóxicas ou provocadoras de distúrbios gastrintestinais".