Os Institutos são as unidades administrativas que integram e coordenam os departamentos acadêmicos. Atualmente, a UFRRJ tem onze institutos: Agronomia (IA), Biologia (IB), Ciências Exatas (ICE), Ciências Humanas e Sociais (ICHS), Educação (IE), Florestas (IF), Multidisciplinar (IM), Tecnologia (IT), Veterinária (IV), Zootecnia (IZ) e a nova Unidade Acadêmica em Três Rios.

Encontra-se em processo fnal de construção a sede do nosso décimo instituto, no município de Nova Iguaçu. Provisoriamente, recebe o nome de Instituto Multidisciplinar. Nesta nova unidade, funcionam, desde março de 2006, os cursos de História, Administração, Matemática, Turismo, Economia e Pedagogia, todos noturnos. Em 2008 foi realizado o primeiro vestibular para três novos
cursos no IM: Direito e Licenciatura em Letras (Português e Espanhol).

Em 2009 se consolidará a instalação da nova unidade de expansão da UFRRJ na cidade de Três Rios com o início da construção de uma sede própria com recursos do governo federal. A Unidade contará com 70 professores e 26 técnico-administrativos contratados por concurso público. Este será o 11º Instituto da UFRRJ. Em Três Rios, a UFRRJ oferece os cursos de Administração e Ciências Econômicas. Em 2008 foi realizado o primeiro vestibular para o curso de Direito nesta unidade.